Page 52 - Bezjak, Sonja, ur. 2024. Spoznaj FAIR: Priročnik o odprti znanosti v Sloveniji. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 52

Vede o življenju
                     Primeri nekaterih najpogosteje uporabljenih metapodatkovnih stan-
                     dardov v repozitorijih za podatke ved o življenju:
                     •   Minimum Information About a Next-generation Sequencing
                         Experiment (MINSEQE), Minimum Information about a Proteo-
                         mics Experiment (MIAPE) in Metabolomics Standards Initiative
                         (MSI) se uporabljajo za opis transkriptomskih, proteomskih in me-
                                                                             8
                         tabolomskih eksperimentov. Uporabljajo jih repozitoriji SRA,  PRI-
         50              DE,  MetaboLights. 10
                            9
                     •   Minimal Information Requested In the Annotation of biochemi-
           spoznaj FAIR: priročnik o odprti znanosti v sloveniji
                         cal Models (MIRIAM) in Minimum Information About a Simula-
                         tion Experiment (MIASE) se uporabljata za opisovanje matematič-
                         nih modelov in rezultatov v sistemski biologiji. Uporabljajo ju v re-
                         pozitoriju Biomodels. 11
                     •   Minimum Information About Plant Phenotyping Experiment (MI-
                         APPE) se uporablja za opisovanje eksperimentov, v katerih merijo
                                                                 12
                         fiziološka stanja rastlin, npr. repozitorij e!DAL.
                     •   Darwin Core se uporablja za standardizacijo informacij o biolo-
                         ških vrstah in njihovem okolju ter je ključen za ekologijo in biolo-
                         ško tak sonomijo. Uporabljajo ga v repozitoriju Global Biodiversity
                         Information Facility (GBIF). 13
                     •   Bioschemas.org se uporablja za označevanje spletnih digitalnih
                         podatkovnih objektov, kot so npr. podatkovni nizi, programska
                         oprema, orodja ali izobraževalni materiali. Uporabljajo jih različne
                         spletne aplikacije, vključno z repozitoriji. 14

                         Navedeni repozitoriji sicer niso del mreže ELIXIR, so pa odprti za
                     vse uporabnike. Posamezni partnerji iz mreže prispevajo pri razvoju
                     metapodatkovnih standardov, evropska mreža ELIXIR in ELIXIR-SI pa
                     standarde promovirata in spodbujata njihovo rabo.
                     8    Https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra.
                     9    Https://www.ebi.ac.uk/pride/.
                     10    Https://www.ebi.ac.uk/metabolights/.
                     11    Https://www.ebi.ac.uk/biomodels/.
                     12    Https://edal.ipk-gatersleben.de/.
                     13    Https://www.gbif.org/.
                     14    Https://bioschemas.org/.
   47   48   49   50   51   52   53   54   55   56   57